哈密瓜切开后比较容易与空气中的细菌等有害物质接触，保存的时间会比较短，在常温下保存不超过3小时，冰箱保存不超过24小时。哈密瓜没有切开，保存时间会比切开的要长，放置在常温下保存为1周，冰箱中保存时间为15~30天不等，具体时间与哈密瓜的新鲜程度和保存的方法有一定的关系。

哈密瓜的品种资源很丰富。按成熟期不同，分早熟、中熟和晚熟品种。早、中熟的称为夏瓜，晚熟的称为冬瓜。早熟的品种主要有黄旦子、纳西甘、一包糖、包孜可口奇、石甜401等，其特点是皮薄肉细，香味浓郁。中熟品种主要有红心脆多汁、肉厚细腻、清香爽口而博得人们喜爱。晚熟品种主要有黑眉毛密极干、青麻皮密极干、炮台红、青皮红肉、青皮冬瓜、黄皮白肉可口奇等。“黑眉毛”、“青麻皮”的特点是瓜肉呈淡青色，储藏后肉质由脆硬，逐渐变得绵软多汁、甜爽而又醇香。